Po obdobju normalnega delovanja je membranski element kontaminiran z suspendiranimi trdnimi ali ognjevzdržnimi snovmi, ki so lahko prisotne v dovajalni vodi. V standardnih pogojih delovanja sistema se je zmanjšalo za 10%, ali očitno, da je prišlo do povečanja ali obraščanja, ga je treba takoj očistiti. Redno opravlja izpiranje vode in kemično doziranje za ponovno vzpostavitev delovanja membranskega elementa in podaljša življenjsko dobo membranskega elementa.
Sistem mora sistem kratkoročno izpirati sistem vsakih 5 dni in po izlitju zaprite ventil, da preprečite zamašitev.
Sistem dolgoročnega izpada (več kot 30 dni), dodamo 1% raztopine natrijevega bisulfita, da preprečimo rast bakterij.
